معلومة

أداة بحث المحاذاة المحلية الأساسية (بلاست)

أداة بحث المحاذاة المحلية الأساسية (بلاست)


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

لماذا قد تكون BLASTP (أداة البحث عن المحاذاة المحلية الأساسية) أداة ضعيفة للبحث عن الزخارف في تسلسل البروتين؟


يقوم BlastP بالبحث عن تشابه التسلسل لاستنتاج الوظيفة عن طريق مقارنة تسلسل غير معروف مع تسلسل تم شرحه بالفعل بوظيفة ، ولكن يمكن أن يكون للبروتينات المتشابهة هيكليًا ذات التسلسلات المختلفة نفس الوظيفة لأنه يمكن تقليد الوظيفة إذا تم استبدال الحمض الأميني يقع في فئة مماثلة مثل الأحماض الأمينية المستبدلة. الفئات الأربع الرئيسية للأحماض الأمينية هي: سالبة الشحنة ، موجبة الشحنة ، قطبية ، كارهة للماء.

للبروتينات أشكال عديدة ، في حين أن الحلزون المزدوج في الحمض النووي هو الشكل الذي يوجد فيه الحمض النووي في أغلب الأحيان. لذلك ، فإن بنية الحمض النووي ليست مهمة لوظيفة مثل بنية البروتينات لوظيفة البروتين. لذلك أنت بحاجة إلى أداة يمكنها مقارنة الشكل الثلاثي الأبعاد لبروتين ما بآخر (بالإضافة إلى مقارنة التسلسل) لعمل تقدير لمدى احتمالية وجود تشابه في الوظيفة. يوفر Research Collaboratory for Structural Bioinformatics أداة يمكنها مقارنة البروتينات بالتسلسل وكذلك حسب الهيكل. تُظهر لقطة الشاشة التالية خيارات المقارنة ضمن كل فئة من هاتين الفئتين:


لأنه يحتوي على نموذج إحصائي ضعيف. إنها في الأساس أداة محاذاة محلية مدعومة بمؤشر k-mer بطول ثابت. إنه يقدّر التماثل من حيث هوية التسلسل ، وبينما يكون هذا غالبًا كافيًا للعثور على التماثل في متواليات متحفظة نسبيًا ، فإن نموذج التسجيل التجريبي لا يسمح حقًا بالبحث عن الزخارف. يمكن النظر إلى الحافز من حيث المعلوماتية الحيوية على أنه سلسلة من أحداث تبديل الحالة ، وبالتالي فأنت بحاجة إلى نموذج يقدر التشابه من حيث احتمالية ملاحظة مثل هذا التسلسل من مفاتيح تبديل الحالة تحت مصفوفة تبديل الحالة السابقة (مستدل عليها من تدريب عينة). تُعرف هذه النماذج باسم نماذج ماركوف وعادة ما يستخدم الناس نماذج ماركوف المخفية للعثور على الزخارف. هناك أدوات شائعة جيدة ، مثل HMMER

تعديل حسب تعليق OP

نظرًا لأن الزخارف مناطق محفوظة محليًا ، كما أن BLAST يؤدي أيضًا محاذاة محلية ، فلماذا لا يكون قادرًا على البحث عن الزخارف؟

  1. الفكرة ليست مجرد "منطقة محمية محليًا" ، إنها ملف تعريف تسلسل محدد. لا يستخرج بلاست أي ملفات تعريف تسلسل ، ولم يتم إنشاؤه لذلك. بالنظر إلى زوج من التسلسلات ، فإنه يعرض لك ببساطة تصحيحات متشابهة. ومن ثم ، فإن بلاست ببساطة ليست الأداة المناسبة للمهمة. لقد صنعوا PSI-BLAST لهذا الغرض بالذات.
  2. علاوة على ذلك ، تشتمل العديد من الأشكال على أحماض أمينية أو نيوكليوتيدات يمكن فصلها تمامًا في تسلسل أولي وتقترب فقط في بنية مطوية (ثانوية أو ثالثة). هنا يفشل تعريفك لـ "المنطقة المحفوظة محليًا" كما يفشل BLAST.
  3. كما ذكرت سابقًا ، يقوم BLAST بإجراء محاذاة محلية إرشادية ، أي أنه يفترض أن تسلسلين مرتبطين يجب أن يحتويان على الأقل على k-mer (كلمة) مشترك واحد بطول محدد. هذا ، بالنظر إلى فهرس الكلمات المحسوب مسبقًا ، يزيد الأداء بشكل كبير من حيث السرعة واستهلاك ذاكرة الوصول العشوائي. لكن يمكن أن توجد أشكال مماثلة في متواليات غير متماثلة أو في تسلسلات شديدة التباين التي بالكاد تثبت أي تماثل ، ولن تجد بلاست أي شيء على الإطلاق.



تعليقات:

  1. Denys

    يقال حسنا.

  2. Rainer

    نعم بالفعل. وركضت في هذا.

  3. Zolozshura

    وليس بعيدا بلا حدود :)

  4. Eburhardt

    هناك شيء في هذا. الآن أصبح كل شيء واضحًا بالنسبة لي ، شكرًا جزيلاً على المعلومات.



اكتب رسالة