معلومة

افتح قاعدة بيانات Mass Spec

افتح قاعدة بيانات Mass Spec



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

أتساءل عما إذا كان هناك ملف افتح (متاحة مجانًا) قاعدة بيانات لبيانات المواصفات الجماعية ، خاصة للمواد / المركبات المدرجة في NCBI.

على وجه التحديد ، لست متأكدًا مما إذا كان NCBI يتضمن بيانات / ملفات بيانات قياس الطيف الكتلي في خادم FTP المتعلق بأي من المواد الكيميائية الخاصة بهم. لذلك أنا فقط أتساءل عما إذا كانت هناك قاعدة بيانات مفتوحة لملفات بيانات المواصفات الجماعية في مكان ما.


تحتوي قاعدة بيانات المستقلب البشري (HMDB) على العديد من أطياف MS / MS و NMR للأيضات البشرية. يمكنك الحصول على الأطياف من قسم التنزيلات. يتضمن HMDB معرفات خارجية لكل مركب. يتضمن ذلك معرفات PubChem المركبة المتوفرة في قاعدة بيانات NCBI. يوجد 2265 مركبًا مع أطياف LC-MS / MS في HMDB.

ال ممتاز تأتي حزمة برامج MS-DIAL أيضًا مع مكتبات طيفية واسعة النطاق لوضع الأيونات الموجبة والسالبة LC-MS / MS و GC-MS / MS بتنسيق نص مسطح ؛ هذا أيضًا يستحق المشاهدة.

تم تقييد الكثير من البيانات الطيفية الأولية بسبب الاتفاقيات متعددة الأطراف (NIST ، chemspider).


مرحبًا بكم في مكتبة AOCS للدهون & # 174!

تعد مكتبة AOCS Lipid Library & reg أحد المصادر الرائدة على الإنترنت للمعلومات المتعلقة بعلوم وتكنولوجيا الدهون اليوم. هذا الموقع مخصص للطلاب والتقنيين والعلماء والأشخاص العاديين لمعرفة المزيد عن كيمياء وتكنولوجيا الدهون.

الموقع مملوك ومدار من قبل AOCS ، لكن المحتوى العلمي يخضع لتوجيهات فريق التحرير. بدأ أليخاندرو مارانجوني فترة عمله كرئيس تحرير لمكتبة الليبيد في يناير 2017.


علم البروتينات والأيض

يخضع مورد Duke Proteomics and Metabolomics المشترك لإعادة فتح جزئي بتوجيه من كلية الطب في ديوك. في مرحلة "Spin-Up" هذه ، نعمل وفقًا للإرشادات التالية ، والتي تم تصميمها لضمان سلامة زملائنا وعلماء المختبرات لدينا.

  1. لتقليل عدد الموظفين في المنشأة في أي وقت معين ، يعمل جميع موظفي DPMSR من المنزل قدر الإمكان. سيتم تنفيذ المهام التي تتطلب جهدًا عمليًا في المختبر فقط هناك.
  2. يجب إجراء جميع مناقشات المشروع ومناقشات إعادة البيانات باستخدام WebEx / Zoom أو عبر الهاتف. سيستمر تسليم البيانات باستخدام مستودع البيانات السريع عبر الإنترنت.
  3. يُطلب من جميع العلماء والزوار ارتداء قناع للوجه أثناء تواجدهم في تشيسترفيلد. يجب أن تكون هذه في مكانها قبل دخول تشيسترفيلد. لاحظ أن الدخول من تشيسترفيلد يجب أن يتم فقط من الجزء الأمامي من المبنى المواجه لشارع W. Main St. وأن يتم الخروج من المبنى باستخدام الأبواب الخلفية بجانب مسارات السكك الحديدية.
  4. في العرض التدريجي ، يجب إجراء جميع عمليات تسليم العينات مباشرة إلى تشيسترفيلد وفقط بترتيب جدولة مسبق مع قائد المشروع (الدكتور موسلي ، طومسون ، سودربلوم أو فوستر). سيتم استخدام نظام صندوق الإسقاط الشخصي عند الباب الأمامي ، مما يسمح بالتسليم شبه المباشر مع الحفاظ على التباعد الاجتماعي واستخدام معدات الوقاية الشخصية المناسبة.

نحن نتطلع قدما للعمل معك مرة أخرى.

يرجى الاتصال بالدكتور آرثر موسلي لطرح أي أسئلة أو مخاوف تتعلق بمختبرنا.

إذا كانت لديك أسئلة حول مشاريع جارية محددة ، فيرجى الاتصال بقائد المشروع:

تعاونت كلية الطب ومركز ديوك لعلم الجينوم والبيولوجيا الحاسوبية (GCB) ومعهد ديوك للسرطان مع الموارد المشتركة للبروتيوميات والأيض لتوفير موارد توصيف البروتين لمجتمع أبحاث ديوك. تشمل هذه الخدمات تحديد البروتين وكمية البروتين من مجموعة متنوعة من أنواع العينات ، من الخلائط البسيطة مثل البقع والعصابات الهلامية إلى الخلائط المعقدة مثل مجمعات البروتين ومحللات الخلية والبلازما. يقع المرفق في الطابق الثالث من مبنى تشيسترفيلد ، 701 ويست مين ستريت.

يستخدم المورد المشترك للبروتيوميات والأيضات مقياس الطيف الكتلي كتكنولوجيا أساسية لتوصيف البروتين النوعي والكمي. نهجنا الرئيسي لتحليل البروتين هو البروتينات "من أسفل إلى أعلى" ، حيث يتم هضم جميع البروتينات بشكل بروتيني ، مما ينتج عنه بدائل الببتيد (الببتيدات المميزة) للبروتينات الأصلية.

يتم إجراء تعريفات البروتين باستخدام محركات بحث قواعد البيانات الحديثة التي تعمل على مجموعة Blade عالية السرعة مخصصة مع إمكانية البحث في قواعد بيانات البروتين القياسية أو المخصصة.

يمكن إجراء تقدير كمية البروتين باستخدام تقنية "خالية من الهلام وخالية من الملصقات" توفر كلاً من الكميات النسبية (الاختبار مقابل التحكم) والكمية المطلقة (بروتين نانوجرام). وبدلاً من ذلك ، يمكن تحليل العينات المشفرة بالنظائر (المسمى) لتوفير معلومات كمية نسبية.

أخبار المنشأة

انتقلنا!

انتقلت Proteomics & amp Metabolomics Shared Resource إلى مساحة معملية مصممة خصيصًا في مبنى تشيسترفيلد الذي تم تجديده حديثًا في وسط مدينة دورهام. ستعمل مساحة المختبر الجديدة لدينا على توسيع قدراتنا وقدراتنا لدعم الاحتياجات البحثية لجامعة ديوك. يقع فندق تشيسترفيلد في 701 دبليو مين ستريت ، في قلب منطقة الابتكار في دورهام.

  • سيسمح لنا هذا المعمل الحديث بتوفير أفضل الموارد الممكنة للباحثين في Duke وحول العالم. نتوقع أن نواصل إضافة أدوات وتقنيات جديدة في السنوات القادمة للاستجابة لاحتياجات باحثي Duke وتعزيز سعة العينة الإجمالية وتقليل وقت التسليم.
  • سنواصل توفير الاتصال المباشر مع الباحثين في الحرم الجامعي. سيكون أعضاء هيئة التدريس والموظفون متاحين أثناء وبعد الانتقال لإجراء مشاورات وجهًا لوجه في مبنى CIEMAS أو مبنى تشيسترفيلد ، وفقًا لتفضيلاتك.
  • تتوفر عينات من خيارات الإنزال في الحرم الجامعي في مبنى CIEMAS ، غرفة 2208B. يمكن للباحثين أيضًا تسليم عينات في مبنى تشيسترفيلد.

القسائم

تُمنح قسائم الخدمات الأساسية لمعهد Duke Translational Research على أساس ربع سنوي. يسر المرفق أن يعلن أن للبروتينات تأثير في دراسات القسائم هذه ، وقد استخدم حوالي 50 بالمائة من جوائز عام 2010 البروتينات في دراساتهم.

مهتم في التقدم للحصول على قسيمة؟ قم بزيارة برنامج قسيمة المرافق الأساسية للتقديم.

الاعتراف بإدخال المرافق الأساسية

السؤال الشائع للمختبرات عند العمل مع المرافق الأساسية هو أفضل السبل للاعتراف أو تضمين جوهر المؤلفين في نشر النتائج والتفسير المقدم من المركز. نشرت رابطة منشآت الموارد الجزيئية الحيوية (ABRF) إرشادات موصى بها للتأليف في المخطوطات ، ونطلب من مستخدمينا مراعاة هذه الإرشادات عند نشر البيانات التي تم إنشاؤها بواسطة الموارد المشتركة للبروتيوميات والأيض. في النهاية ، يقرر المؤلف الرئيسي (أو الباحث الرئيسي) قرار التضمين أو الإقرار في المنشور. نظرًا لأن سجل النشر ضروري لضمان وجود منشأة أساسية عالية الجودة وللتطوير المهني لموظفيها ، فإننا نطلب من مستخدمينا النظر بعناية في مدخلات الأعضاء الأساسيين في المنشورات العلمية.

إقرار النشر

بالنسبة لجميع المنشورات التي تتضمن بيانات تم إنشاؤها في المورد المشترك للبروتيوميات والأيض ، نطلب منك الإقرار بهذا الدعم:

نشكر كلية الطب بجامعة ديوك على استخدام الموارد المشتركة للبروتيوميات والأيض ، والتي قدمت خدمة _________.


مقدمة

تقوم مجمعات البروتين الجزيئي بمجموعة متنوعة من الوظائف في الخلية بما في ذلك الوظائف الأساسية مثل النسخ المتماثل والنسخ والترجمة وتدهور البروتين (على سبيل المثال ، MCM-ORC ، RNA polymerase ، ribosome ، proteasome) (Alberts، 1998 Hartwell وآخرون، 1999). يرتبط اضطراب معقدات البروتين بالعديد من الأمراض التي تصيب الإنسان (جوه وآخرون، 2007 برويل وآخرون، 2017) والعديد من العلاجات تستهدف مجمعات البروتين (Arkin وآخرون، 2014). يعد تكوين مجمعات البروتين للقيام بوظيفة بيولوجية مبدأً عامًا في علم الأحياء ، وبالتالي فإن توصيف تكوينها يعد مطلبًا أساسيًا لفهمنا الكامل للوظائف الخلوية. لسوء الحظ ، ما زلنا نفتقر إلى المعرفة بمجموعة شاملة من مجمعات البروتين للخلية البشرية.

لمعالجة هذه الفجوة في المعرفة ، هناك جهد عالمي مستمر لتحديد جميع تفاعلات البروتين في الخلايا البشرية. شاشات تفاعل البروتين عالي الإنتاجية باستخدام تنقية التقارب (AP-MS) (Malovannaya وآخرون، 2011 Hein وآخرون، 2015 هوتلين وآخرون، 2015 ، 2017) زاد بشكل كبير من تغطية تفاعلات البروتين عبر البروتين. وبالمثل ، فإن استراتيجيات الفصل الكيميائي الحيوي ، مثل مقياس الطيف الكتلي للتجزئة المشتركة (CF-MS) ، قد وفرت طرقًا متعامدة لتحديد مجمعات البروتين (هافوجيمانا) وآخرون، 2012 كريستنسن وآخرون، 2012 كيركوود وآخرون، 2013 وان وآخرون، 2015). على الرغم من أن هذه الطرق قد حددت عشرات الآلاف من تفاعلات البروتين ، إلا أنها لا تزال تتمتع بتغطية محدودة للتفاعل البشري بأكمله.

لحسن الحظ ، فإن طرق الإنتاجية العالية هذه متعامدة ، حيث يقوم كل منها بأخذ عينات من أجزاء مختلفة من البروتين البشري وتحديد مجموعات من التفاعلات التي لا تتداخل تمامًا. لقد قمنا سابقًا بإعادة تحليل ودمج ثلاثة من أكبر مجموعات البيانات المتاحة في ذلك الوقت (Hein وآخرون، 2015 هوتلين وآخرون، 2015 وان وآخرون، 2015) ، أكثر من 9000 تجربة لقياس الطيف الكتلي ، لبناء مجموعة أكثر اكتمالا ودقة من مجمعات البروتين (درو وآخرون، 2017). حددت مواردنا ، hu.MAP ، التفاعلات لأكثر من ثلث جميع البروتينات البشرية.

نحن نتصور التفاعلات ككيانات متطورة ، تنمو وتتحسن مع ظهور تقنيات ومجموعات بيانات جديدة. هنا ، نقدم hu.MAP 2.0 ، والذي وجدنا أنه الخريطة المعقدة الأكثر دقة وشمولاً للبروتين البشري المتوفرة حتى الآن. hu.MAP 2.0 عبارة عن تكامل لأكثر من 15000 تجربة لقياس الطيف الكتلي ويحدد 6965 مجمعًا يتكون من 57148 تفاعلًا فريدًا بين 9963 بروتينًا بشريًا. توضح مقاييس الأداء المتعددة أن hu.MAP 2.0 يتفوق على خريطتنا السابقة والخرائط المعقدة الأخرى المتوفرة في الأدبيات. نوضح كذلك أن المجمعات الموجودة في hu.MAP 2.0 ليست فقط غنية بالتخصيب لتعليقات توضيحية محددة منسقة بالأدب ولكنها تتمتع أيضًا بتغطية أكبر للجينات غير المميزة تمامًا. أخيرًا ، قمنا بتسليط الضوء على العديد من النتائج البيولوجية الجديدة التي توضح فائدة hu.MAP 2.0 كمورد للاكتشاف البيولوجي.


مجموعة قاعدة بيانات البيولوجيا الجزيئية القريبة عبر الإنترنت

أظهرت أزمة COVID-19 المستمرة مرونة المجتمع العلمي: تمت إعادة تخصيص الموارد بسرعة استجابة للوباء وتمكين تسلسل آلاف السلالات ، وتتبع معدلات العدوى مع انتشار الفيروس في جميع أنحاء العالم ، والبيولوجيا الهيكلية وما إلى ذلك. من البيانات التي تم إنشاؤها من خلال التدفقات المختلفة تتضمن بشكل طبيعي قواعد البيانات وتنعكس جهودهم بطريقة ما في قاعدة البيانات الخاصة بنا مع قواعد البيانات السبع الجديدة الخاصة بـ COVID المذكورة أعلاه ولكن هذا ليس سوى جزء صغير من الجهد الدولي الذي يغذي عدد المنشورات حول SARS-CoV- 2 والبحوث المتعلقة بفيروس كورونا (94).

خفض الوضع الطبيعي الجديد جداول السفر لدينا مما يوفر وقتًا إضافيًا لتجديد كبير لمجموعة قواعد البيانات الجزيئية عبر الإنترنت الخاصة بنا (يمكن الوصول إليها على https://www.oxfordjournals.org/nar/database/c/). بالإضافة إلى الإزالة المعتادة لقواعد البيانات المتقادمة ، تم تحديث المئات من الإدخالات أو تصحيحها أو توسيعها ليصل إجمالي المجموعة إلى 1641 قاعدة بيانات. نشكر المؤلفين على دعمهم لجهودنا المستمرة في مراقبة الموارد المدرجة. من بين مئات الإدخالات التي تم تحديثها ، كان العديد منها بسبب التواصل المباشر مع [email protected] الذي يوفر ملفًا نصيًا عاديًا كما هو محدد في https://www.oxfordjournals.org/nar/database/summary/1.


فتح قاعدة بيانات المواصفات الجماعية - علم الأحياء

ستأخذك الروابط أدناه إلى مواقع حيث يمكنك البحث عن هياكل وأطياف الجزيئات العضوية. يرجى ملاحظة أن هذه المواقع تحتوي على معلومات حول كيفية الإقرار ببياناتهم أو الاستشهاد بها عند استخدامها في عرض تقديمي أو منشور أو تقرير.

إذا كنت تستخدم طيفًا من إحدى قواعد البيانات هذه للمقارنة مع طيفك التجريبي ، فلا تختار واحدًا تم تحديده في الطور الغازي (إلا إذا تم تحديد الطيف أيضًا في الطور الغازي).


لا حاجة للتسجيل للبحث والتنبؤ بالرنين المغناطيسي النووي (في الغالب 13 درجة مئوية). انقر فوق علامة التبويب & quotSearch & quot أدخل اسم الجزيء أو الصيغة (حساسة لحالة الأحرف) في & quotSearch by Molecule / Spectrum Properties & quot مربع اختيار التنسيق المناسب (الاسم / الصيغة) في القائمة المنسدلة ثم انقر فوق & quotSearch & quot.

بالنقر بزر الماوس الأيمن ، يمكنك حفظ الطيف كرسم jpeg.

يجب تثبيت الإصدار الحالي من Java على جهاز الكمبيوتر الخاص بك. أدخل اسم جزيء في مربع البحث البسيط ، انقر فوق & quotSearch & quot بالتمرير لأسفل الصفحة حتى ترى heaading & quot Spectra & quot وانقر فوق السهم لتوسيع القائمة (لا تحتوي جميع الجزيئات على أطياف). قم بالتمرير لرؤية الأطياف المختلفة التي يساهم بها المستخدم (UV-vis ، IR ، NMR ، MS) انقر فوق رمز الطيف لفتح الطيف في Java. [يعتبر الزر & quotDownload & quot مفيدًا فقط إذا كان لديك تطبيق عارض JCamp Spectra.]

لدمج طيف 1 H-NMR ، انقر بزر الماوس الأيمن على الطيف ، واختر & quot عرض & quot وتحقق & quotIntegrate & quot.

طريقة بسيطة لنسخ الطيف: انقر بزر الماوس الأيمن على الطيف وحدد & quotView & quot وتحقق & quotWindow & quot. سيفتح الطيف في نافذة جديدة. اضغط على Alt PrintScreen لنسخ محتويات نافذة المتصفح المفتوحة. الصقها في برنامج Word أو برنامج رسومات ، إذا كنت تريد اقتصاص الرسم (الذي سيشمل كل النافذة). [توضح مدونة الموقع زر & quotPrint & quot في الطيف ، ولكنه لا يظهر مع الأطياف.]

إذا قمت بالنقر فوق السطر & quot مصادر البيانات المرتبطة. & quot ثم علامة التبويب & quot Spectral Data & quot ، قد يكون هناك رابط إلى NMRShiftDB (انظر صف الجدول أعلاه).


محتويات

يتم تلخيص جميع التنسيقات المعروفة ومحولاتها في الجدول أدناه:

البرامج المتوافقة الخاصة بأداة قياس الطيف الكتلي وتنسيقات الملفات:

NIST WebBook المعهد الوطني للمعايير والتكنولوجيا
يحتوي هذا الموقع على الأشعة تحت الحمراء (المرحلة الغازية في الغالب) ، والأطياف الكتلية وعدد قليل من الأطياف المرئية للأشعة فوق البنفسجية. قاعدة البيانات قابلة للبحث بالاسم والصيغة الجزيئية الكاملة أو الجزئية والوزن الجزيئي. لاتفعل استخدم قاعدة البيانات هذه لمقارنة IR مع عينات المرحلة السائلة!
نظام قاعدة البيانات الطيفية (SDBS) برعاية وكالة العلوم والتكنولوجيا الصناعية ، اليابان
هنا يمكنك أن تجد IR و MS و 13 C و 1 H-NMR. يمكن البحث فيه بالاسم والصيغة الجزيئية الكاملة أو الجزئية والوزن الجزيئي. يمكنك أيضًا إدخال الترددات الطيفية للبحث. تأكد من اختيار IR's فقط كـ & quot؛ فيلم سائل & quot (يتم أخذ بعضها في مذيب CCl4). يمكن حفظ الأطياف كملفات gif. يمكنك طباعة الأطياف في المستعرض.
تعرف كل شيء تحتوي قاعدة البيانات على IR و NMR و MS و UV-Vis ، مع إمكانات بحث واسعة النطاق. عند النظر إلى طيف الأشعة تحت الحمراء ، في المربع & quot عرض كـ & quot ، اختر & quot٪ النفاذية & quot. يتم جمع IR من العديد من المصادر في قاعدة البيانات. كن حذرًا في اختيار الطيف المأخوذ في المرحلة السائلة (أو & quotneat & quot) - لا تختر واحدًا من مرحلة البخار.
NMRShiftDB
تنسيقات الملفات الخاصة بأداة Mass-Spec المتوافقة
بائع الملف الخام برنامج اكتساب الصك نوع الملف الخام محول خام إلى mzXML صيانة SPC؟ حالة المحول / الملاحظات تحميل
بروكر (?) .baf صفحة CompassXport لا (يدعم بروكر) الرجوع إلى البائع انظر صفحة CompassXport
ثيرمو X كاليبور ملف .RAW ReAdW نعم ، SPC إصدار رسمي: 4.3.0 ، أغسطس 2009 انظر صفحة ReAdW
مياه ماسلينكس دليل .RAW ذئب نعم ، SPC لا النقطه الوسطى الإصدار الرسمي: 4.3.0 ، أغسطس 2009 انظر صفحة الذئب
MDS / Sciex لـ ABI و Agilent محلل ، AnalystQS ملف wiff mzWiff نعم ، SPC إصدار رسمي: 4.3.0 ، أغسطس 2009: راجع صفحة mzWiff
أجيلينت ماس هانتر دليل .d صياد نعم ، SPC إصدار رسمي: 4.3.0 ، أغسطس 2009: انظر صفحة الصياد
ABI (?) (?) T2DExtractor لا (معمل أندروز) 4700/4800 مشكلة معروفة في محول MALDI TOFTOF: لم يتم تسجيل اسم الأداة الصحيح في mzXML لم يتم تسجيل معلومات حالة الشحن في mzXML حلقة الوصل
ABI (?) (?) PyMsXML لا ABI Mariner ، محول Voyager رابط خارجي

تنسيقات ملفات MS الأخرى المتوافقة:

تنسيقات ملفات MS أخرى متوافقة
صيغة الاستخدام الأصلي تحويل النص إلى mzXML صيانة SPC؟ حالة المحول / الملاحظات تحميل
.dta حبس dta2mzxml نعم في إصدار TPP الرجوع إلى صفحة TPP
.pkl ? pkl2mzxml نعم في إصدار TPP pkl2mzxml
.mgf تعويذة ? ? ? ?


شكر وتقدير

نشكر RG Huffman و S. Semrau و R. Zubarev و J. Neveu و H. Specht و A. Phillips و A. Chen للمساعدة والمناقشات والتعليقات البناءة ، بالإضافة إلى عمليات العلوم بجامعة هارفارد FAS لدعم هذا مشروع البحث. نشكر A. Raj و B. Emert على هدية خط الخلية MDA-MB-231 التي تعبر عن mCherry و LifeAct-iRFP670.

التمويل

تم تمويل هذا العمل من خلال أموال بدء التشغيل من جامعة Northeastern وجائزة New Innovator Award من NIGMS من المعاهد الوطنية للصحة إلى NS. تحت رقم الجائزة DP2GM123497. لم يكن لهيئات التمويل دور في جمع البيانات وتحليلها وتفسيرها.

توافر البيانات والمواد

تم إيداع بيانات MS الأولية ونتائج البحث في MassIVE (ID: MSV000082077) [38] وفي ProteomeXchange (المعرف: PXD008985) [39]. يمكن العثور على موقع الويب التكميلي على: north Eastern.edu/slavovlab/2016 SCoPE-MS /.


مجموعة قاعدة بيانات البيولوجيا الجزيئية القريبة عبر الإنترنت

وصلنا هذا العام إلى التحديث الخامس والعشرين لمجموعة قاعدة بيانات البيولوجيا الجزيئية عبر الإنترنت الخاصة بـ NAR (والمتاحة مجانًا على http://www.oxfordjournals.org/nar/database/c/) ، والتي تضم 88 قاعدة بيانات جديدة (الجدول 1) و 15 قاعدة بيانات. لم يتم وصفه سابقًا في إصدار قاعدة بيانات NAR (الجدول 2). ضمن عمليات التحقق المستمرة للتأكد من أن المعلومات لا تزال ذات صلة ، قمنا بإزالة 47 قاعدة بيانات قديمة أو متوقفة. بعد الاتصال بمؤلفيها ، تم تحديث 138 إدخالاً في قاعدة البيانات فيما يتعلق بعناوين URL الجديدة و / أو الأوصاف الجديدة و / أو البيانات الوصفية الأخرى.

نرحب باقتراحات الإدراج في مجموعة قواعد البيانات الإضافية التي تم نشرها في مجلات أخرى. يجب توجيه مثل هذه الاقتراحات إلى XMF على العنوان [email protected] ويجب أن تتضمن ملخصات قاعدة البيانات بنص عادي منظم وفقًا لقالب http://www.oxfordjournals.org/nar/database/summary/1.


المحتوى الرئيسي

"الطريقة الجديدة توفر الوقت والمال في تطوير عقاقير جديدة

يمكن أن تساعد الخوارزمية التي صممها باحثون من قسم البيولوجيا الحاسوبية بجامعة كارنيجي ميلون وجامعة ولاية سانت بطرسبرغ في روسيا العلماء في تحديد الجزيئات غير المعروفة. تستخدم الخوارزمية ، التي تسمى MolDiscovery ، بيانات قياس الطيف الكتلي من الجزيئات للتنبؤ بهوية المواد غير المعروفة ، وتخبر العلماء في وقت مبكر من بحثهم ما إذا كانوا قد عثروا على شيء جديد أو مجرد اكتشاف شيء معروف بالفعل.

يمكن أن يوفر هذا التطور الوقت والمال في البحث عن منتجات جديدة طبيعية يمكن استخدامها في الطب.

قال حسين موهيماني ، الأستاذ المساعد وأحد أعضاء فريق البحث: "يضيع العلماء الكثير من الوقت في عزل الجزيئات المعروفة بالفعل ، وإعادة اكتشاف البنسلين بشكل أساسي". "اكتشاف ما إذا كان الجزيء معروفًا أم لا مبكرًا يمكن أن يوفر الوقت وملايين الدولارات ، ونأمل أن يمكّن شركات الأدوية والباحثين من البحث بشكل أفضل عن منتجات طبيعية جديدة يمكن أن تؤدي إلى تطوير عقاقير جديدة."

تم نشر عمل الفريق ، "MolDiscovery: Learning Mass Spectrometry Fragmentation of Small Molecules" ، مؤخرًا في Nature Communications. ضم فريق البحث الدكتور موهماني CMU. الطلاب Liu Cao و Mustafa Guler Yi-Yuan Lee ، مساعد باحث في CMU و Azat Tagirdzhanov و Alexey Gurevich ، كلاهما باحثان في مركز التكنولوجيا الحيوية الخوارزمية في جامعة ولاية سانت بطرسبرغ.

قال موهيماني ، الذي يركز بحثه في مختبر Metabolomics and Metagenomics على البحث عن أدوية جديدة تحدث بشكل طبيعي ، بعد أن اكتشف أحد العلماء جزيئًا يبشر بالخير كدواء محتمل في عينة بحرية أو تربة ، على سبيل المثال ، قد يستغرق الأمر عامًا. أو أكثر لتحديد الجزيء دون ضمان أن المادة جديدة. تستخدم MolDiscovery قياسات قياس الطيف الكتلي ونموذج تعلم الآلة التنبئي لتحديد الجزيئات بسرعة ودقة.

قياسات مطياف الكتلة هي بصمات أصابع الجزيئات ، ولكن على عكس بصمات الأصابع ، لا توجد قاعدة بيانات ضخمة لمطابقتها معها. على الرغم من اكتشاف مئات الآلاف من الجزيئات التي تحدث بشكل طبيعي ، إلا أن العلماء لا يستطيعون الوصول إلى بيانات قياس الطيف الكتلي الخاصة بهم. تتنبأ MolDiscovery بهوية الجزيء من بيانات قياس الطيف الكتلي دون الاعتماد على قاعدة بيانات أطياف الكتلة لمطابقتها معها.

يأمل الفريق أن تكون MolDiscovery أداة مفيدة للمختبرات في اكتشاف المنتجات الطبيعية الجديدة. يمكن أن تعمل MolDiscovery جنبًا إلى جنب مع NRPminer ، وهو نظام أساسي للتعلم الآلي تم تطويره بواسطة مختبر موهيماني ، والذي يساعد العلماء على عزل المنتجات الطبيعية. كما نُشرت الأبحاث المتعلقة بـ NRPminer مؤخرًا في Nature Communications ".


شاهد الفيديو: Mass Spectrometry (أغسطس 2022).